中国农业科学院棉花研究所作为唯一的国家级棉花专业科研机构和全国棉花科研中心，我所以应用研究和应用基础研究为主，组织和主持全国性的重大棉花科研项目，着重解决棉花生产中的重大科技问题，开展国际棉花科技合作与交流，培养棉花科技人才，宣传推广科研成果与先进的植棉技术，编辑出版《棉花学报》和《中国棉花》专业期刊。

现有在职职工430人，其中科技人员222人，研究员27人，副研究员60人；中国工程院院士1人，国家级专家1人，享受政府特殊津贴专家6人，省部级专家11人，国家级“百千万人才工程”人选3人；博士生导师9人,硕士生导师28人；博士后流动站在站人员4人；具有博士学位36人，硕士学位49人。全所固定资产金额为26512万元，万元以上仪器设备807台/套，土地面积319公顷，工作用房2.6万平方米；在海南三亚建有国家农作物种质棉花资源圃和南繁基地；在新疆阿克苏、石河子和安徽望江等处建有棉花育种生态试验站。

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