牡丹江医学院创建于1958年，著名史学家郭沫若先生题写了校名。是黑龙江省东南部地区唯一一所省属全日制普通本科医药院校。1997年一次性通过原国家教委合格评估。2006年在国家本科教学水平评估中专家组给予了优秀的评价。2009年经国务院学位委员会批准为新增硕士学位立项建设单位。2013年通过硕士学位立项建设单位整体验收。2014年开始招收基础医学、生物医学、临床医学硕士研究生。

学院现有教职工2600人，具有副高级以上职称600多人。专任教师580多人，具有博士学历88人（其中留学归国博士7人），硕士学历550人。有龙江学者特聘教授1人，省级教学名师2人，省级教学团队2个，博士生导师5人，硕士生导师120人，全省卫生系统有突出贡献中青年专家17人，牡丹江市优秀中青年专家8人。聘请美国著名医学专家葛仁山教授来校工作，聘任共享院士2人、长江学者1人、客座教授19人。

学院占地面积72.5万平方米，建筑面积31.7万平方米，图书馆藏书100多万册，中外文期刊2300多种，校园网络系统先进，拥有各类网上教学资源3000多部。教学科研仪器设备总值1.7亿元，固定资产总值6.5亿元。《牡丹江医学院学报》在全国公开发行。