齐齐哈尔工程学院的前身，是成立于1958年的齐齐哈尔第一机床厂重型机床制造学院，文革前实施六年制（业余）本科和四年制(业余)专科教育，其间易名为齐齐哈尔第一机床厂“七·二一”工人大学、齐齐哈尔第一机床厂职工机电学院。

1993年，学校为支持国有企业公司化改造与企业签订经济分离合同，成为全国第一家国企学校与企业分离的典型,易名为黑龙江东亚大学。2001年，省政府批准在黑龙江东亚大学基础上成立齐齐哈尔职业学院，结束了齐齐哈尔市没有地方普通高校的历史。2011年4月，教育部批准齐齐哈尔职业学院升格更名为齐齐哈尔工程学院，学院属本科层次的普通高校，隶属齐齐哈尔市人民政府。