中国高等航海教育发轫于上海，1909年晚清邮传部上海高等实业学堂（南洋公学）船政科开创了我国高等航海教育的先河。1912年成立吴淞商船学校，1933年更名为吴淞商船专科学校。1959年交通部在沪组建上海海运学院。2004年经教育部批准更名为上海海事大学。为更好地服务上海国际航运中心建设和国家航运事业发展，根据上海市高校布局结构调整规划，2008年上海海事大学主体搬迁临港新城。2009年学校举行百年校庆系列活动。

学校设有2个博士后科研流动站（交通运输工程、电气工程），2个一级学科博士点（交通运输工程、管理科学工程），17个二级学科博士点，13个一级学科硕士学位授权点，57个二级学科硕士学位授权点，5个专业学位硕士授权点，45个本科专业，12个高职专业。拥有9个省部级重点研究基地。现有1个国家重点（培育）学科，5个国家级特色专业，9个部市级重点学科，17个上海市本科教育高地。设有水上训练中心，拥有万吨级集装箱教学实习船“育锋”轮，新造世界最大4.8万吨散货教学实习船“育明”轮。