上海海关学院是经教育部批准设立的具有高等学历教育招生资格的全日制普通高等学校，直属于中华人民共和国海关总署。中国海关高等教育已有百余年历史，1908 年清政府在北京建立税务学堂（后更名为税务专门学校，并迁址上海），该学堂是世界上最早从事海关高等专业教育的学校之一。新中国成立后，1953 年上海海关学校设立；1980 年经国务院批准，升格为上海海关专科学校；1996 年更名为上海海关高等专科学校。 2007 年3 月，教育部批准在上海海关高等专科学校的基础上设立上海海关学院。2012 年12 月，学院被国务院学位委员会正式批准为“服务国家特殊需求人才培养项目”——学士学位授予单位开展培养硕士专业学位研究生试点工作单位。