南京医科大学创建于1934年，时名江苏省立医政学院。1957年，由镇江迁至南京，更名为南京医学院。1962年，被列为全国首批六年制医药院校。1981年，被批准为全国首批博士、硕士学位授予单位。1993年，更名为南京医科大学。学校是江苏省属重点建设高校。

学校设有19个学院（部）和1个独立学院——康达学院。在江苏、上海、浙江、山东等地拥有23所附属医院和50多所教学医院。学校现有在职教职工1500多人，其中学校编制专任教师779人。有教授178人、副教授225人，有博士生导师359人、硕士生导师1449人（含附属医院）。学校现有中国工程院院士1名，“长江学者”特聘教授2名，国家“千人计划”4人，国家杰出青年科学基金获得者7人，国家级教学名师1人，入选“教育部新世纪优秀人才支持计划”5人，“江苏特聘教授”12人，“国家级教学团队”3个，教育部“创新团队”1个。学校是江苏省高层次人才培养计划——“333工程”培训基地。教育人才工作多次获得江苏省教育厅表彰。