海南医学院的起源可追溯到1947年林筱海先生创立的私立海强医事技术（职业）学校和1948年宋子文先生创建并任第一任董事长的私立海南大学医学院。1951年这两所学校合并为海南医学专门学校，后更名为海南医学专科学校。1983年并入海南大学成为海南大学医学部，1989年筹建海南医学院，1993年经国家教委批准正式建立海南医学院，隶属海南省人民政府主管，是海南省唯一的一所省属公办普通高等医学院校。

1996年顺利通过普通高等学校本科教学工作合格评估。

2005年以良好的成绩通过本科教学工作水平评估。

2013年获批为硕士学位授予单位，基础医学、临床医学、药学等三个学科为硕士科学学位一级授权学科。

2014年初通过临床医学、公共卫生、护理学等3个硕士专业学位授权学科专家评审。