学校创办于1934年，时名湖南国医专科学校，1960年改办为普通高等本科院校湖南中医学院，1990年原湖南科技大学成建制并入湖南中医学院，2002年湖南省中医药研究院与湖南中医学院合并，2006年经教育部批准更名为湖南中医药大学。2012年学校进入一本招生序列。目前学校与湖南省中医药研究院实行校院合一的管理体制。

学校现有含浦、东塘2个校区，总占地面积1393亩，校舍建筑面积47万平方米。现有3所直属附属医院，10所非直属附属医院，2个校办合资企业。学校下设16个学院、1个部、16个研究中心（所）。学校现有学生总人数36712人，其中研究生1587人、全日制本科生17722人、专科生572人、成人学历教育学生16735人、留学生96人。学校图书馆藏书109.1万册，线装古籍2.5万余册。拥有教学科研仪器设备总值1.65亿元，有40万元以上的贵重仪器设备17台件、多媒体教室165间，建成了先进的校园网络和多媒体教学、教室监控、教学广播、会议视频、屏蔽系统。